在傳統(tǒng)的測序技術(shù)中，上機(jī)測序的樣本是由多個(gè)細(xì)胞構(gòu)成的，分析得出的結(jié)論也只是基于所有細(xì)胞的平均水平，但是我們知道細(xì)胞是具有異質(zhì)性的，對(duì)于大腦等復(fù)雜組織而言，其細(xì)胞類型是多樣的；對(duì)于腫瘤細(xì)胞而言，其細(xì)胞異質(zhì)性更是尤為突出，為了克服細(xì)胞異質(zhì)性的影響，提高科學(xué)研究的精度，科學(xué)家在不斷嘗試，希望從單個(gè)細(xì)胞的水平去進(jìn)行測序分析。
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序就是利用高通量測序技術(shù)對(duì)單個(gè)細(xì)胞進(jìn)行RNAseq，以此了解單細(xì)胞水平的基因表達(dá)情況。某個(gè)細(xì)胞在某一生理功能狀態(tài)下所有轉(zhuǎn)錄的mRNA產(chǎn)物的集合，是基因組遺傳信息傳遞和表達(dá)的重要步驟和過程。與參考基因組比對(duì)，可以得到基因差異表達(dá)、可變剪接、融合基因等遺傳調(diào)控信息。
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組RNAseq較大的優(yōu)勢(shì)就在于，它可以明確到細(xì)胞間的差異性，可以將某個(gè)組織中不同的單細(xì)胞分別進(jìn)行研究，獲取更多的樣本信息，而不同于對(duì)整個(gè)組織（bulk）進(jìn)行探究的普通轉(zhuǎn)錄組，對(duì)于理解單個(gè)細(xì)胞的多樣性有著明顯的局限性。每種組織中有多種類型的細(xì)胞，每一種細(xì)胞類型有著*的起源和功能，而每一個(gè)細(xì)胞的譜系和發(fā)展的狀態(tài)又決定了每個(gè)細(xì)胞如何與周圍的細(xì)胞及環(huán)境互作，那么把高通量測序應(yīng)用到單個(gè)細(xì)胞層面，對(duì)于我們理解細(xì)胞的起源、功能、變異等就有著至關(guān)重要的作用。
單細(xì)胞更加，得到的是每個(gè)細(xì)胞型的表達(dá)量，從而可以幫助理解組織異質(zhì)性，鑒定罕見的細(xì)胞類型，檢測細(xì)胞組分的變化，例如在癌癥異質(zhì)性、胚胎發(fā)育、細(xì)胞對(duì)藥物的反應(yīng)、神經(jīng)細(xì)胞分型、差異表達(dá)通路等方面都發(fā)揮重要作用。
